Der findes tre søer med en konkret målsætning i Vandplanerne i Halsnæs Kommune: Arresø samt Arresø Lillesø 1 og 2.
Danmarks største sø, Arresø er i dag en næringsrig og ret lavvandet sø med kun sparsom plantevækst på bunden. Arresø har en målsætning om god økologisk og kemisk tilstand. Arresø har dårlig økologisk tilstand og ikke-god kemisk tilstand og forventes ikke at opnå målopfyldelse inden 2027.
Arresø har en dårlig økologisk tilstand af fisk og ringe økologisk tilstand af vandplanter og fytoplankton. Overskridelser af miljøkvalitetskravet for methylnaphthalener i sediment giver anledning til en dårlig tilstand af nationalt specifikke stoffer. Overskridelser af miljøkvalitetskravet for kviksølv i fisk giver anledning til en ikke-god kemisk tilstand.
For at Arresø kan opnå en god økologisk tilstand skal både tilførslen af fosfor og den fosfor der er bundet i bundsedimentet begrænses. I seneste vandområdeplan fra 2015-2021, er det angivet at den eksterne belastning af Arresø skal reduceres med yderligere 3.218 kg P/år, så den samlede eksterne belastning ikke overstiger 3.006 kg P/år.
Halsnæs Kommune bidrager beskedent til næringsberigelse af Arresø i sin håndtering af spildevand, da kommunens spildevand ledes til Roskilde Fjord og Kattegat. Spildevandspåvirkningen af Arresø sker alene fra tre overløbsbygværker.
