I Halsnæs Kommune er der i den nuværende vandområdeplan fire målsatte vandløb: Arresø Kanal, Arrenakke Å, Lyngby Å og Havelse Å. Disse vandforekomster skal på sigt have gode forhold mht. kemisk tilstand, fysisk udformning, fisk, smådyrsfauna (insekter) og vandplanter.
Der findes ca. 10,4 km vandløb i Halsnæs Kommune, som er målsat med "godt økologisk potentiale" i seneste basisanalyse 2021-2017. I tillæg hertil findes der 5,7 km vandløb som har en målsætning om "god økologisk tilstand". Flere vandløb er tillige omfattet af naturbeskyttelseslovens § 3, der beskytter mod ændringer af tilstanden bortset fra sædvanlige vedligeholdelsesarbejder.
Den økologiske tilstand af målsatte vandløb i Halsnæs Kommune er:
- Arresø Kanal fra Arresø til Roskilde Fjord har moderat økologisk potentiale.
- Længst opstrøms har Arrenakke Å moderat økologisk tilstand, og på de to nedstrøms beliggende stækninger inden udløb i Roskilde Fjord har Arrenakke Å hhv. godt økologisk potentiale og moderat økologisk potentiale.
- Lyngby Å har moderat økologisk potentiale.
- Havelse Å har moderat økologisk tilstand.
Af de målsatte vandløb har 1,7 km opnået målopfyldelse i planperioden 2015-2021. For de fleste af vandløbene gælder, at den manglende målopfyldelse kan skyldes stærkt modificerede systemer med tilførsel af næringsstoffer fra bl.a. spildevand.
I spildevandsregi har kommunen i planperioden arbejdet med fastlagte indsatser for overløb fra overløbsbygværker langs Arrenakke Å og Arresø Kanal. Ud af ni udpegede overløb med potentiel indsats, har kommunen i samarbejde med Halsnæs Forsyning vurderet og udført nødvendige forholdsregler på otte overløb, blandt andet ved etablering eller udvidelse af forsinkelsesbassiner. Kommunen har ikke gennemført påbud om forbedret rensning i områder med udpegede renseklasser.
I gældende vandområdeplan er der ikke fastlagt forbedret spildevandsudledning direkte til vandløb for enkeltejendomme.